メディア込みで保存： Cmd+S または File →「Save with file」。.pmix（JSON）と、参照メディアをプロジェクトフォルダ内の _media にコピーし、相対パスで記録。移行しやすくなります。
プロジェクトのみ保存： File →「Save PJ only」。シーン・設定のみ保存し、メディアはコピーしません。既に相対パスになっているメディアはそのまま書き出されます。
注意： 他 PC へ持ち込む場合は「Save with file」で保存し、_media を含むプロジェクトフォルダごとコピーしてください。メディアが見つからない場合は元のパスが参照されるか、手動で差し替えてください。